反滲透膜元件用時間太長，其產水量導電率會提高，膜的出水出水擴散系數會降低，一般一套反滲透系統軟件一年對膜元件開展清洗2次或之上。清洗反滲透膜元件的流程有以下幾個方面：

1）用泵將整潔、無分散氯的反滲透產品水從清洗箱(或相對應水資源)打進高壓容器中并排出數分鐘。

2）用整潔的產品水在清洗箱中配置清洗液。

3）將清洗液在高壓容器中循環系統1小時或事先設置的時間。

4）清洗進行之后，排清清洗箱并開展清洗，隨后向清洗箱中充斥著整潔的產品水以便下一步清洗。

5）用椰子殼碳將整潔、無分散氯的產品水從清洗箱(或相對應水資源)打進高壓容器中并排出數分鐘。

6）清洗反滲透系統軟件后，產品水排出閥開啟情況下運作反滲透系統軟件，直至產品水清理、無泡沫塑料或無清洗劑污染物

污染對膜元件的危害是漸近的而且危害的水準在于污染的特性。已受污染的反滲透膜的清洗周期時間依據當場具體情況而定。一切正常的清洗周期時間是每3-12個月一次。當膜元件只是是發生了輕微污染時，關鍵的清洗膜元件。中重度污染會因為阻攔有機化學藥物深層次滲入至污染層，危害清洗實際效果。清洗哪種污染物及其怎樣清洗要依據當場污染狀況而開展。針對幾類污染與此同時存有繁雜狀況，清洗方式 是選用低PH和高PH清洗液更替清洗。